山东墨子基金会成立于1995年8月，注册资金200万元。本基金会的宗旨是：遵守宪法、法律、法规和国家政策，践行社会主义核心价值观；坚持“挖掘、开发、研究、普及传承”原则，组织和团结国内外墨学研究者开展学术研究，举办相关活动；奖励和资助对墨学发展有贡献的杰出人才，推动传统文化的创造性转化、创新性发展。本基金会的业务主管单位是山东省教育厅，登记管理机关是山东省民政厅。本基金会接受登记管理机关、业务主管单位的业务指导和监督管理。
山东墨子基金会自成立以来，在各级领导和社会各界的支持关心下，与中国墨子学会、滕州市墨子研究中心共同举办了十一届墨子国际学术研讨会、八届墨子文化节、四届鲁班文化节；参与编辑出版《墨子大全》、《墨子训释》、《圣匠鲁班》、《鲁班的传说》等墨子鲁班方面的书籍300余部，约7000余万字；积极组织开展了一系列公益慈善活动，为墨子鲁班优秀传统文化的传承和弘扬作出了积极贡献。
山东墨子基金会的领导机构是理事会，理事会有11位理事组成，理事长为法人，执行事务负责人为秘书长。第一届理事会成立于1995年8月，理事长为朱锡光同志，秘书长为李广星同志兼任；2007年5月1日，基金会换届选举董兴河同志为理事长，任守景同志兼任秘书长；2018年7月6日，基金会第五届一次会议，换届选举杨位明同志为第三任理事长，邵长婕同志兼任秘书长，颜玉明同志为监事。
2020年12月16日，山东墨子基金会召开第五届四次理事会会议，会议增补邵长婕同志兼任常务副理事长；陈正德、王伟同志为副理事长；王洪才、王宏、贾福军、孟凡军同志为理事。
基金会下设综合管理部、合作交流部、财务处三个部门。